1、柱壓過高
可能是微粒堵塞． 柱床膨脹，不可逆吸附， 細菌生長等造成的。也有可能是系統反壓問題， 例如阻尼器堵塞，進樣器堵塞， 管路或連接口堵塞． 在線過濾器不干凈， 壓力傳感器不準確等。

2、柱效低
可能是色譜柱被污染、 過濾片部分堵塞、色譜柱內的死體積造成，例如流動相p H值或者組成不合適造成固定相損失。 流動相急劇變化造成固定相物理損壞， 機械振動造成固定相產生裂縫，柱床收縮或干枯。也有可能是儀器連接的問題， 認真檢查進樣器、檢測器、 管路、 保護柱和在線過濾器等是否連接好，也可能是色譜柱沒有平衡好， 進樣量過大等問題。

     3、重復性差、不出峰、回收率低
可能是色譜柱被污染， 流動相 p H值或者組成不合適造成固定相損失 ， 樣 品溶劑 不同或樣品本身不穩定， 固定 相極性過強或者流動相極性過弱． 或者發生非特異性吸附。也可能梯度實驗時平衡時間不足，溫度波動， 流動相組成改變， 樣品溶劑不同， 樣品穩定性不好，方法的開發不好， 緩沖液的酸堿度不合適或者緩沖能力不足。